Năm 1787, khi họ Trịnh thất bại trong việc khôi phục lại địa vị, Trịnh Bồng chạy khỏi kinh thành, Lê Chiêu Thống ngầm cho người đốt phủ chúa đi. Đám cháy lan khắp hai phần ba kinh thành và cháy trong mười ngày liền[6] làm mất đi một quần thể kiến trúc đẹp của Thăng Long - Hà Nội. Điều này được sách Hoàng Lê nhất thống chí chép như sau: Sớm hôm sau, hoàng thượng mới biết là Án đô vương đã trốn đi lúc ban đêm tức thì ngầm sai người phóng hoả đốt hết phủ chúa. Khi phủ cháy, khói lửa bốc lên ngút trời, hơn mười ngày chưa tắt[11]

Về việc này và việc Lê Chiêu Thống nghe lời Nguyễn Hữu Chỉnh cho vét hết chuông đồng, tượng đồng ở các chùa, đền trong nước đem đúc tiền dùng vào việc quân, sách Lê Quý kỷ sự chép: Người đương thời có câu mỉa mai: "Thiên hạ thất tự chung, chung thất, nhi đỉnh an tại! Hoàng thượng phần vương phủ, phủ phần, tức điện diệc không!" Nghĩa là: "Thiên hạ mất chuông chùa, chuông đã mất, vạc dựa vào đâu![12] Hoàng thượng thiêu phủ Chúa, phủ bị thiêu, điện trơ ra đó!"[13]